A San Giovanni, anche in occasione dell’esumazione della salma di San Pio venerata da flussi di fedeli anche in questi giorni d’agosto, continuano ad affiorare aneddoti ed episodi sul frate dalle stigmate. L’ultimo in ordine di tempo riguarda l’intercessione di San Pio per Papa Pio XII nel lontano 1943. Secondo quanto siamo riusciti a ricostruire, Padre Pio inginocchiato nel coro della chiesetta del convento, assorto in profonda preghiera e con il capo tra le mani, invocò l’aiuto di Dio per impedire ai nazisti la cattura di Pio XII. Ne sarebbe diretto testimone il cavalier Francesco Morcaldi. «Corsi al convento – scrive Morcaldi nel suo memoriale – dove trovai Padre Pio seduto accanto al letto del Padre Bernardo Masone da Pietrelcina, gravemente infermo, nella stanzetta accanto al Sacellum. Gli comunicai che le truppe tedesche avevano occupato Roma, invadendo il piazzale e la gradinata di San Pietro. Padre Pio ne fu fiortemente scosso, sino alle lacrime, subito s’accomiatò dal malato e si portò nel coro della chiesetta.
Ivi lo raggiunsi di lì a qualche tempo per accomiatarmi. Era inginocchiato, assorto in profonda preghiera, il capo tra le mani. Attesi, infine non potendo trattenermi più a lungo mi avanzai; egli sollevò il capo e vidi il suo volto, sconvolto e rigato dalle lacrime. Lo salutai, mi porse la mano’ che baciai rispettosamente: la sentii percorsa da fremiti. S’avvide dell’emozione che mi assaliva, mi fissò e : "Ciccillo – mi disse – il Papa si salverà"… ". La verità venne alla luce solo nel 1972 quando la redazione della "Domenica del Corriere" pubblicò l’intervista esclusiva dell’ex-generale Karl Wolff, comandante delle SS in Italia durante il periodo delle repubblica di Salò. L’ex gerarca rivelò: "Sono io l’uomo che doveva rapire il Papa, pochi giorni dopo l’8 settembre 1943, Hitler mi convocò alla "Tana del Lupo" e mi disse: le ordino di occupare il Vaticano, di mettere al sicuro i suoi archivi e i suoi tesori, e di portare al Nord Pio XII e la curia. Nel dicembre del 1943 riuscii a dissuadere Hitler e a convincerlo ad accantonare il piano». Un progetto rimasto così per molti anni nascosto ai più: solo in tre ne erano a conoscenza: il Fuhrer, Wolff e Himmler. Padre Pio però sapeva non solo che Pio XII era in pericolo ma che, dopo le preghiere, le sue preghiere, il Papa si sarebbe salvato. E così fu …In quell’inverno del 1943, quando i tedeschi fecero irruzione nella basilica di San Paolo fuori le Mura, per evitare che Hitler tenesse prigioniero il Papa, Pacelli preparò una lettera di abdicazione da utilizzare in caso di propria cattura, dando istruzioni di tenere un successivo conclave a Lisbona. Nel 1943, quando i tedeschi imposero agli Ebrei romani di versare oro in cambio di una effimera e temporanea salvezza, il Vaticano contribuì fornendo 20 dei 50 chili d’oro richiesti. Secondo molti storici, i tedeschi avrebbero poi organizzato il ratto del ghetto di Roma proprio per un affronto a papa Pacelli. Il 19 luglio 1943 dopo il violento bombardamento di San Lorenzo a Roma, si recò nei quartieri colpiti. Il 4 giugno 1944, dopo la liberazione ricevette in Vaticano i soldati alleati. La domenica successiva, i Romani si recarono in massa a piazza San Pietro a salutare e a festeggiare il Papa, che, di fatto, era l’unica autorità rimasta nella capitale, dopo 1’8 settembre.